Trường Trung học phổ thông FPT hoạt động theo mô hình trường nội trú, học sinh học tập, sinh hoạt từ thứ Hai đến hết thứ Sáu hàng tuần. Hai ngày cuối tuần không học thêm, không bài tập sẽ được dành hoàn toàn cho gia đình và các hoạt động xã hội.
Lãnh đạo Đại học FPT cho biết, ngoài những kiến thức phổ thông nền tảng, mục tiêu đào tạo quan trọng nhất của trường là đào tạo ra những thế hệ học sinh sẵn sàng cho các chương trình đại học theo định hướng quốc tế và cơ hội việc làm toàn cầu sau này với những tố chất như có ý thức kỷ luật và thái độ phù hợp; có tính tự lập cao; có tư duy phản biện, sáng tạo; có khả năng ngoại ngữ rất tốt và ứng dụng thành thạo công nghệ thông tin.
Theo đó, chương trình đào tạo tại trường Trung học phổ thông FPT được xây dựng với các điểm nổi bật như tăng cường tiếng Anh và công nghệ thông tin.
Được biết, trong năm đầu tiên thành lập, trường tuyển 150 chỉ tiêu, dành cho các học sinh trung học cơ sở tại Hà Nội và các tỉnh lân cận có học lực và hạnh kiểm năm lớp 9 đạt loại khá trở lên. Thí sinh phải tham dự bài kiểm tra năng lực tư duy của trường được tổ chức vào ngày 2/6/2013. Học phí của trường là 4 triệu đồng/tháng, đã bao gồm tất cả chi phí liên quan đến học nâng cao, bổ trợ, các chương trình phát triển cá nhân và hướng nghiệp, chưa bao gồm chi phí ăn ở và quản lý nội trú.
Học sinh đạt giải Nhất trong kỳ thi học sinh giỏi các môn văn hóa cấp tỉnh/ thành phố năm học lớp 9 hoặc những học sinh đạt kết quả xuất sắc trong kỳ kiểm tra năng lực tư duy đầu vào do Trường Trung học phổ thông FPT tổ chức sẽ được nhận học bổng trị giá 50% học phí trong ba năm học.
Tại Việt Nam, mô hình trung học chuyên nội trú, trực thuộc các trường đại học như Đại học Ngoại ngữ, Đại học Sư phạm, Đại học Khoa học Tự nhiên được triển khai từ những năm 70 và đã đóng góp rất nhiều thế hệ tài năng cho đất nước./.